肠道微生态重要的基石菌株类目，潜在功能价值，以及常用培养基介绍
来源：武汉市灰藻生物科技有限公司 浏览量：26 发布时间：2025-08-31 19:48:41
引言
近年来，随着测序技术的成熟，与肠道微生态或宿主生理紧密联系的基石菌类目已经被成功分离培养。16S rRNA扩增子测序，及宏基因组测序技术表明，肠道微生物组成和功能的紊乱，与疾病的发生和发展密切相关，如肥胖及Ⅱ型糖尿病患者肠道中拟杆菌门(Bacteroidota)与厚壁菌门(Firmicutes)的比例显著降低、癌症免疫疗法响应的患者肠道中阿克曼氏菌的丰度显著升高等。根据研究统计，最具潜力的下一代益生菌包括，阿克曼菌、多形拟杆菌、普拉梭菌、丁酸梭菌等。
我们网站往期已发表了数期，关于肠道微生物的文章，访问链接如下:
碎肉碳水化合物肉汤培养基(DSMZ Medium 110，CMC)的组分及其配置要点
本文将介绍肠道微生态的基石菌目及其主要功能，同时对肠道微生物分离、培养和富集等程序常用的培养基做相关说明。本章节介绍菌株，可点击菌株名称，显示更多保藏信息，或在官网检索系统检索拉丁名称。
人体肠道微生物（图源：GUT期刊）
肠道微生态常见类目及潜在功能
粘放线菌属（Adlercreutzia）
代表物种：A. caecimuris、A. equolifaciens、A. faecis、A. mucosicola和A. muris等
潜在功能：具有代谢异黄酮类化合物并生成雌马酚的能力，且在结肠炎个体中丰度较低
保藏信息（点击可访问详细信息页）：
HZB904866 盲肠粘放线菌 CCUG 57646/Adlercreutzia caecicola (NR06)
HZB406786 鼠盲肠粘放线菌DSM 21839/Adlercreutzia caecimuris (Enterorhabdus caecimuris)
HZB736611 产异黄酮粘放线菌亚种DSM 19450/Adlercreutzia equolifaciens subsp. equolifaciens
HZB410115 粘膜粘放线菌DSM 19490/Adlercreutzia mucosicola
阿克曼菌属（Akkermansia）
代表物种：A. muciniphila
潜在功能：具有抗肥胖和抗糖尿病（包括Ⅰ型和Ⅱ型）的作用，可作为接受肿瘤免疫治疗患者的响应生物标志物。其细胞表面的棒状蛋白Amuc_1100具有激活TLR2的能力，其磷脂可通过非经典TLR2-TLR1异源二聚体途径激活免疫反应。此外，其分泌蛋白P9可通过IL-6依赖机制促进肠道L细胞分泌GLP-1。
保藏信息：
HZB366847 嗜黏蛋白阿克曼菌 ATCC BAA-835/Akkermansia muciniphila(Muc)
另枝菌属（Alistipes）
代表物种：A. communis、A. finegoldii、A. hominis、A. indistinctus、A. massiliensis、A. muris、A. onderdonkii、A. putredinis、A. senegalensis、A. shahii和A. timonensis等
潜在功能：在高脂饮食人群中富集，对胆汁酸具有耐受性，并与焦虑和抑郁人群存在关联。
保藏信息：
HZB569080 差异另枝菌DSM 108978/Alistipes dispar
HZB908713 芬氏另枝菌CCUG 46020T/Alistipes finegoldii(AHN 2437)
HZB424347 芬氏另枝菌DSM 17242/Alistipes finegoldii
HZB528124 伊氏另枝菌DSM 109016/Alistipes ihumii
HZB409465 模糊另枝菌DSM 22520/Alistipes indistinctus
HZB529044 无用另枝菌DSM 28863/Alistipes inops
HZB362674 昂氏另枝菌ATCC BAA-1178/Alistipes onderdonkii subsp. onderdonkii
HZB497977 腐烂另枝菌DSM 17216/Alistipes putredinis
HZB530959 塞内加尔另枝菌JCM 32779/Alistipes senegalensis
HZB578779 沙氏另枝菌ATCC BAA-1179/Alistipes shahii (WAL 8301,DSM 19121)
HZB489748 另枝菌属DSM 102308/Alistipes sp. (Marseille-P2431)
拟杆菌属（Bacteroides）
代表物种：B. acidifaciens、B. caccae、B. caecimuris、B. capillosus、B. cellulosilyticus、B. clarus、B. coagulans、B. coprocola、B. coprophilus、B. difficilis、B. dorei、B. eggerthii、B. facilis、B. faecichinchillae、B. faecis、B. finegoldii、B. fluxus、B. fragilis、B. hominis、B. intestilis、B. koreensis、B. kribbi、B. massiliensis、B. multiformis、B. nordii、B. oleiciplenus、B. ovatus、B. parvus、B. pectinophilus、B. rodentium、B. salyersiae、B. sartorii、B. stercoris、B. thetaiotaomicron、B. uniformis、B. vulgatus和B. xylanisolvens等
潜在功能：该属具备多样化且丰富的碳水化合物利用能力，其定植与肠道发育和成熟密切相关。其中，脆弱拟杆菌（B. fragilis）的带电荷多糖可在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中诱导产生具有抗炎作用的IL-10。该属富含胆盐水解酶，并可增强肿瘤免疫治疗的疗效。
保藏信息：
HZB112026 产酸拟杆菌DSM 15896/Bacteroides acidifaciens (A40)
HZB910602 粪拟杆菌ATCC 43185/Bacteroides caccae
HZB560828 鼠盲肠拟杆菌DSM 26085/Bacteroides caecimuris (I48)
HZB909171 解纤维拟杆菌/Bacteroides cellulosilyticus
HZB410035 克拉氏拟杆菌DSM 22519/Bacteroides clarus (A20)
HZB920162 埃氏拟杆菌CCUG 9559T/Bacteroides eggerthii
HZB701409 埃氏拟杆菌/Bacteroides eggerthii
HZB360517 脆弱拟杆菌ATCC 43860/Bacteroides fragilis (20656-2-1)
双歧杆菌属（Bifidobacterium）
代表物种：B. adolescentis、B. angulatum、B. animalis、B. bifidum、B. boum、B. breve、B. catenulatum、B. coryneforme、B. dentium、B. faecale、B. gallicum、B. longum、B. pseudocatenulatum、B. pseudolongum、B. ruminantium、B. stercoris、B. thermophilum和B. tsurumiense等
潜在功能：能够利用母乳低聚糖或黏蛋白，与宿主健康密切相关，尤其在婴儿中作用显著。作为传统益生菌，其有益于宿主健康，并富含胆盐水解酶。
保藏信息：
HZB359132 青春双歧杆菌ATCC 15705/Bifidobacterium adolescentis Reuter (E298b (Variant c))
HZB359155 动物双歧杆菌ATCC 25527/Bifidobacterium animalis (R 101-8)
HZB196433 星状双歧杆菌JCM 8230/Bifidobacterium asteroides (C51)
HZB124676 双歧双歧杆菌ATCC 29521/Bifidobacterium bifidum
HZB909202 牛双歧杆菌CCUG 44932T/Bifidobacterium boum
HZB354592 短双歧杆菌ATCC 15700/Bifidobacterium breve (S1 (Variant a))
HZB196396 链状双歧杆菌ATCC 27539/Bifidobacterium catenulatum
HZB196442 豚双歧杆菌ATCC 27686/Bifidobacterium choerinum (SU806)
HZB360328 齿双歧杆菌ATCC 27534/Bifidobacterium dentium
HZB130128 长双歧杆菌/Bifidobacterium longum
嗜胆菌属（Bilophila）
代表物种：B. wadsworthia
潜在功能：在高脂或高蛋白饮食人群中富集，对胆汁酸具有耐受性，具有促炎作用，并可加重高脂饮食诱导的代谢综合征。
保藏信息：HZB746341 沃氏嗜胆菌DSM 11045/Bilophila wadsworthia
布劳特氏菌属（Blautia）
代表物种：B. beijingensis、B. caecimuris、B. celeris、B. coccoides、B. difficilis、B. faecis、B. glucerasea、B. hansenii、B. hydrogenotrophica、B. intestilis、B. lenta、B. luti、B. massiliensis、B. obeum、B. ovalis、B. producta、B. schinkii、B. segnis、B. simiae、B. stercoris、B. tarda和B. wexlerae等
潜在功能：在肥胖和结肠炎个体中丰度较低，含有胆盐水解酶，并可产生细菌素和S-腺苷甲硫氨酸。
保藏信息：
HZB520283 银布劳特氏菌KCTC 15426/Blautia argi(N6H1-15)
HZB359857 类球布劳特氏菌ATCC 29236/Blautia coccoides(CLC-1 )
HZB505146 粪布劳特氏菌DSM 27629/Blautia faecis
HZB410579 解葡布劳特氏菌DSM 22028/Blautia glucerasea(HFTH-1)
HZB603276 汉森布劳特氏菌DSM 20583/Blautia hansenii (VPI C7-24)
HZB363678 产氢布劳氏菌ATCC BAA-2371/Blautia hydrogenotrophica
HZB607145 泥栖布劳特氏菌DSM 14534/Blautia luti (BInIX)
HZB489751 马赛布劳特氏菌DSM 101187/Blautia massiliensis
HZB622678 奥氏布劳特氏菌DSM 25238/Blautia obeum
HZB524697 延长布劳特氏菌DSM 2950/Blautia producta (VPI 4299)
HZB488480 拟球布劳特氏菌DSM 26115/Blautia pseudococcoides (YL58)
HZB738209 韦氏布劳特氏菌DSM 19850/Blautia wexlerae
丁酸单胞菌属（Butyricimonas）
代表物种：B. faecihominis、B. hominis、B. paravirosa和B. virosa等
潜在功能：重要的丁酸产生菌。
保藏信息：HZB410782 病毒丁酸单胞菌DSM 23226/Butyricimonas virosa (MT12)
梭菌属（Clostridium）：肠道核心菌属
代表物种：C. baratii、C. beijerinckii、C. boliviensis、C. bornimense、C. botulinum、C. butyricum、C. cadaveris、C. celatum、C. celerecrescens、C. cochlearium、C. cocleatum、C. colinum、C. dakarense、C. difficile、C. diolis、C. disporicum、C. facile、C. faecis、C. glycolicum、C. glycyrrhizinilyticum、C. hathewayi、C. herbivorans、C. hominis、C. hylemoe、C. innocuum、C. lactatifermentans、C. lentum、C. mangenotii、C. methoxybenzovorans、C. methylpentosum、C. mobile、C. nexile、C. orbiscindens、C. oroticum、C. paraperfringens、C. paraputrificum、C. perfringens、C. polysaccharolyticum、C. porci、C. propionicum、C. puyanii、C. ramosum、C. rectum、C. saccharogumia、C. saccharolyticum、C. sardiniense、C. saudiense、C. scindens、C. segne、C. senegalense、C. septicum、C. simiarum、C. sphenoides、C. sporogenes、C. symbiosum、C. tertium、C. thiosulfatireducens、C. xylanolyticum和C. xylanovorans等
潜在功能：该属可形成芽孢，部分物种具有诱导调节性T细胞（Treg）的能力，从而发挥抗炎作用。它们产生短链脂肪酸，有助于维持肠道稳态，并参与胆汁酸代谢，影响胆汁酸池的组成。
保藏信息：
HZB354278 艰难梭菌ATCC 43255/Clostridioides difficile (VPI 10463)
HZB119173 丙酮丁醇梭菌/Clostridium acetobutylicum (No.12)
HZB198073 解淀粉梭菌DSM 21864/Clostridium amylolyticum (SW408)
HZB667536 自产醇梭菌DSM 10061/Clostridium autoethanogenum
HZB127819 拜氏梭菌ATCC 8260/Clostridium beijerinckii
HZB122012 北耶林梭菌ATCC 51743/Clostridium beijerinckii
HZB442794 拜氏梭菌DSM 13821/Clostridium beijerinckii (KT-1P)
HZB223345 双酶梭菌ATCC 638/Clostridium bifermentans
HZB133180 丁酸梭菌ATCC 19398/Clostridium butyricum
柯林斯菌属（Collinsella）
代表物种：C. aerofaciens、C. gabonensis、C. intestilis、C. stercoris和C. takaei等
潜在功能：具有促炎作用，其丰度在肥胖、低纤维摄入个体以及非酒精性脂肪肝病患者中较低。
保藏信息：
HZB915930 产气柯林斯菌CCUG 28087T/Collinsella aerofaciens ATCC 25986
HZB745112 肠柯林斯氏菌DSM 13280/Collinsella intestinalis
粪球菌属（Coprococcus）
代表物种：C. catus、C. comes、C. eutactus和C. hominis等
潜在功能：重要的丁酸产生菌，其丰度在抑郁症患者和帕金森病患者中显著降低。
保藏信息：
HZB361014 猫粪球菌ATCC 27761/Coprococcus catus
HZB692563 真粪粪球菌DSM 107541/Coprococcus eutactus
HZB624111 柯姆斯粪球菌/Coprococcus comes
脱硫弧菌属（Desulfovibrio）
代表物种：D. desulfuricans、D. legallii、D. piger和D. porci等
潜在功能：具有促炎特性，能够以硫酸盐作为电子受体，产生硫化氢（H₂S）。
保藏信息：
HZB720355 草酸脱硫弧菌DSM 1925/Cupidesulfovibrio oxamicus (ATCC 33405)
HZB417988 脱硫弧菌DSM 642/Desulfovibrio desulfuricans (ATCC 29577)
HZB363014 脱硫弧菌脱硫亚种（脱硫微螺菌、脱硫螺菌、脱硫杆菌、脱硫芽孢弧菌、脱硫弧菌）/Desulfovibrio vulgaris Postgate and Campbell
HZB904580 费尔菲尔德脱硫弧菌CCUG 58497/Desulfovibrio fairfieldensis
HZB555355 嗜铁脱硫弧菌/Desulfovibrio ferrophilus
HZB522775 肠脱硫弧菌DSM 11275/Desulfovibrio intestinalis (KMS2)
HZB566040 猪脱硫弧菌DSM 749/Desulfovibrio piger (ATCC 29098)
HZB231621 需盐脱硫弧菌/Desulfovibrio salexigens
HZB585718 单纯脱硫弧菌DSM 4141/Desulfovibrio simplex (JCM 16812)
HZB353661 普通脱硫弧菌ATCC 29579/Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (DSM 644)
多拉菌属（Dorea）
代表物种：未培养种Candidatus D. massiliensis以及D. formicigenerans、D. hominis和D. longicatena等
潜在功能：人类肠道中主要的产气菌，在肠易激综合征（IBS）患者中丰度较高。
保藏信息：
HZB527527 甲酸生成多拉菌DSM 3992/Dorea formicigenerans (Eubacterium formicigenerans)
HZB746574 长链多拉菌 DSM 13814/Dorea longicatena
肠球菌属（Enterococcus）
代表物种：E. asini、E. avium、E. canintestini、E. casseliflavus、E. cecorum、E. dispar、E. durans、E. faecalis、E. faecium、E. flavescens、E. gallinarum、E. gilvus、E. hirae、E. mundtii、E. pallens、E. phoeniculicola、E. raffinosus、E. saccharolyticus、E. thailandicus和E. xiangfangensis等
潜在功能：机会性致病菌，部分菌株具有益生功能，可拮抗病原菌。
保藏信息：
HZB625099 阿西尼肠球菌DSM 11492/Enterococcus asini (AS2)
HZB904478 鸟肠球菌CCUG 59013/Enterococcus avium
HZB920312 鸟肠球菌CCUG 7983T(血清群:Q)/Enterococcus avium (Variant:Lancefield's group Q)
HZB911051 犬肠球菌CCUG 37857T/Enterococcus canintestini (DSM 21207)
HZB723377 犬肠球菌DSM 17029/Enterococcus canis (CCUG 46666)
HZB675876 铅黄肠球菌DSM 4841/Enterococcus casseliflavus (ATCC 12755)
HZB224738 铅黄肠球菌(血清学组:D)/Enterococcus casseliflavus (Serological group:D)
HZB361407 铅黄肠球菌ATCC 700327/Enterococcus casseliflavus (9199)
HZB355426 盲肠肠球菌ATCC 43198/Enterococcus cecorum (JCM 8724)
HZB512918 哥伦比亚肠球菌DSM 7374/Enterococcus columbae (ATCC 51263)
HZB902079 双链肠球菌CCUG 72323T/Enterococcus diestrammenae (DSM 29072)
HZB134301 殊异肠球菌/Enterococcus dispar (ATCC 51266)
HZB220555 耐久肠球菌/Enterococcus durans (Kgl2)
HZB220576 耐久肠球菌/Enterococcus durans
HZB358411 耐久肠球菌ATCC 19432(血清群:D)/Enterococcus durans (Serological group:D)
HZB487549 粪肠球菌DSM 32036/Enterococcus faecalis (KB1)
真杆菌属（Eubacterium）
代表物种：E. biforme、E. callanderi、E. contortum、E. cylindroides、E. desmolans、E. difficile、E. dolichum、E. eligens、E. hominis、E. infirmum、E. limosum、E. maltosivorans、E. muris、E. oxidoreducens、E. ramulus、E. rectale、E. ruminantium、E. segne、E. siraeum、E. sulci、E. tenue、E. tortuosum、E. ventriosum和E. xylanophilum等
潜在功能：主要的丁酸产生菌，参与胆汁酸和胆固醇的代谢。其丰度在肥胖、糖尿病患者及结肠炎个体中较低。
保藏信息：
HZB367715 巴氏真杆菌ATCC 25849/Eubacterium barkeri (VPI 5359)
HZB121077 粘液真杆菌/Eubacterium limosum (ATCC 8486, DSM 20543, JCM 9978, JCM 6421, CCUG 16793)
HZB556883 食麦芽真杆菌DSM 105863/Eubacterium maltosivorans (YI)
HZB639909 直肠真杆菌JCM 17463/Eubacterium rectale (Agathobacter rectalis,ATCC 33656)
HZB630171 西拉真杆菌DSM 15702/Eubacterium siraeum (VPI T9-50-2)
HZB630584 真杆菌属JCM 9976/Eubacterium sp. (32 of group A2)
粪杆菌属（Faecalibacterium）
代表物种：F. cf、F. hominis和F. prausnitzii等
潜在功能：F. prausnitzii是主要的丁酸产生菌，具有显著的抗炎作用。
保藏信息：
HZB366919 普拉梭菌/Faecalibacterium prausnitzii(ATCC 27768)
HZB714666 啮齿类粪杆菌/Faecalibaculum rodentium(JCM 30274)
HZB547591 啮齿粪杆菌/Faecalibaculum rodentium(KCTC 15484)
毛螺菌属（Lachnospira）
代表物种：L. hominis、L. multipara和L. pectinoschiza等
潜在功能：曾被归类于梭菌属XIVa群，是主要的丁酸产生菌，其丰度在多种病理状态下发生显著变化。
保藏信息：
HZB556183 毛螺菌/Lachnospira eligens(DSM 3376)
HZB670032 多形毛螺菌/Lachnospira multipara(DSM 3073)
HZB489707 毛螺菌属/Lachnospira sp.(DSM 107526)
HZB488729 毛螺科菌DSM 24404/Lachnospiraceae bacterium (ATCC BAA-2278)
乳杆菌属（Lactobacillus，）
代表物种：L. acidophilus、L. amylolyticus、L. amylovorus、L. crispatus、L. delbrueckii、L. equicursoris、L. gasseri、L. helveticus、L. intestilis、L. johnsonii、L. kalixensis、L. porci、L. rodentium、L. rogosae、L. taiwanensis、L. ultunensis等
潜在功能：传统益生菌，具有多种有益功能，在肠道中丰度较高，与肠道健康密切相关。
保藏信息：
HZB218878 耐酸乳杆菌ATCC 43578/Lactobacillus acetotolerans
HZB122079 嗜酸乳杆菌/Lactobacillus acidophilus(LA-14)
HZB593124 低温乳杆菌ATCC BAA-482/Lactobacillus algidus(NCIMB 13914)
HZB197077 嗜淀粉乳杆菌ATCC 49845/Lactobacillus amylophilus
HZB197078 食淀粉乳杆菌ATCC 33620/Lactobacillus amylovorus
HZB367991 动物乳杆菌/Lactobacillus animalis(ATCC 35046)
HZB223919 短乳杆菌/Lactobacillus brevis (L13)
乳球菌属（Lactococcus）
代表物种：L. formosensis、L. garvieae和L. lactis等
潜在功能：可产生短链脂肪酸和细菌素
保藏信息：
HZB354975 格氏乳球菌 ATCC 43921/Lactococcus garvieae (NCDO 2155, DSM 20684)
HZB138548 乳酸乳球菌叶蝉亚种 ATCC 29071/Lactococcus lactis subsp. hordniae (HC-1)
HZB224846 乳酸乳球菌乳脂亚种 ATCC 19257/Lactococcus lactis subsp. cremoris (NCDO 607, DSM 20069)
HZB231605 乳酸乳球菌双乙酰亚种/Lactococcus lactis subsp. diacetylatis
HZB121315 乳酸乳球菌乳酸亚种/Lactococcus lactis subsp. lactis (No.1)
HZB353419 乳酸乳球菌乳亚种 ATCC 19435/Lactococcus lactis subsp. lactis (BUCSAV 302, DSM 20481)
HZB359293 乳酸乳球菌乳酸亚种 ATCC 11454/Lactococcus lactis subsp. lactis (Berridge X 13, DSM 20729)
HZB196447 乳酸乳球菌乳亚种 NBRC 12007/Lactococcus lactis subsp. lactis (OUT 30001)
HZB404120 蜜袋鼯乳球菌 DSM 104842/Lactococcus petauri (LMG 30040)
HZB138480 棉子糖乳球菌 ATCC 43920/Lactococcus raffinolactis (23.C.5, DSM 20443)
巨单胞菌属（Megamonas）
代表物种：M. funiformis、M. hypermegale和M. rupellensis等
潜在功能：其丰度在肥胖、结肠炎个体以及自闭症患者中增加。
保藏信息：
HZB751617 单形巨单胞菌 DSM 19343/Megamonas funiformis (YITM815, JCM 14723)
HZB561505 鲁佩伦斯巨单胞菌 DSM 19944/Megamonas rupellensis (FM1025)
臭杆菌属（Odoribacter）
代表物种：O. laneus、O. muris和O. splanchnicus
潜在功能：能够代谢特定胆汁酸，发挥抗炎和抗菌作用。
保藏信息：
颤螺菌属（Oscillospira）
潜在功能：此前被归类于梭菌属IV群，目前可培养的菌株有限，其丰度在多种病理状态下显著变化。
副拟杆菌属（Parabacteroides）
代表物种：P. acidifaciens、P. distasonis、P. faecis、P. goldsteinii、P. gordonii、P. hominis、P. intestilis、P. johnsonii、P. merdae、P. muris和P. segnis等
潜在功能：参与胆汁酸代谢，产生琥珀酸，有助于保护宿主免受异常糖脂代谢的影响。
保藏信息：
HZB656402 毛丝鼠副拟杆菌 JCM 17104/Parabacteroides chinchillae (ST166)
HZB366645 狄氏副拟杆菌 ATCC BAA-1295/Parabacteroides distasonis (Bacteroides distasonis, NSB 50047)
HZB902806 人粪副拟杆菌 CCUG 66681/Parabacteroides faecis (JCM 18682, DSM 102983)
HZB366644 古氏副拟杆菌 ATCC BAA-1180/Parabacteroides goldsteinii (Bacteroides goldsteinii, WAL 12034)
HZB904935 戈登副杆菌 CCUG 57478/Parabacteroides gordonii (MS-1)
HZB901080 约氏副拟杆菌 CCUG 54943/Parabacteroides johnsonii (DSM 18315)
HZB358580 粪副拟杆菌 ATCC 43184/Parabacteroides merdae (Bacteroides merdae, VPI T4-1)
HZB902180 副拟杆菌 CCUG 71183/Parabacteroides timonensis (Marseille-P3236)
副普雷沃菌属（Paraprevotella）
代表物种：P. clara和P. xylaniphila
潜在功能：具有蛋白水解活性，可保护IgA不被胰蛋白酶降解。
保藏信息：
HZB408008 木糖副普雷沃菌DSM 19681/Paraprevotella xylaniphila (JCM 14860)
消化链球菌属（Peptostreptococcus）
代表物种：P. aerobius、P. porci和P. stomatis
潜在功能：能够利用谷氨酸和色氨酸，产生吲哚类衍生物，有助于维护肠道健康。部分物种为机会性致病菌，可能促进结肠癌的发生。
保藏信息：
HZB365163 厌氧消化链球菌ATCC 27337/Peptostreptococcus anaerobius (NCTC 11460)
HZB906312 胃消化链球菌CCUG 51858T/Peptostreptococcus stomatis (DSM 17678)
酸杆菌属（Phascolarctobacterium）
代表物种：P. succinatutens、P. faecium和P. succinatutens
潜在功能：其生长依赖于琥珀酸，可利用黏蛋白，具有抑制艰难梭菌感染的能力。
保藏信息：
HZB755186 粪糠酸杆菌DSM 14760/Phascolarctobacterium faecium
HZB630670 琥珀酸杆菌/Phascolarctobacterium succinatutens
普雷沃菌属（Prevotella）
代表物种：P. bivia、P. copri、P. denticola、P. disiens、P. intermedia、P. jejuni、P. melaninogenica、P. mizrahii、P. oralis、P. ruminicola、P. salivae、P. stercorea和P. veroralis等
潜在功能：具备利用植物来源复杂碳水化合物的能力，与高植物性饮食相关，具有蛋白水解活性，参与肠道菌群昼夜节律波动，与高血压、减重效果的成功或失败相关。
保藏信息：
HZB904694 灰色拟普雷沃菌 CCUG 58091T/Alloprevotella rava
HZB920160 双路普雷沃氏菌CCUG 9557T/Prevotella bivia (ATCC 29303)
HZB564081 布氏普氏菌DSM 11371/Prevotella bryantii (CIP 105474)
HZB751000 粪便普雷沃氏菌DSM 18205/Prevotella copri (JCM 13464)
HZB638454 人体普雷沃氏菌DSM 18810/Prevotella corporis (ATCC 33547)
HZB545215 栖组织普雷沃氏菌JCM 15637/Prevotella histicola (DSM 19854)
HZB489875 人普氏菌JCM 33280/Prevotella hominis (BCRC 81118)
HZB354161 中间普氏菌ATCC 25611/Prevotella intermedia (JCM 7365)
HZB596392 莱氏普雷沃菌DSM 19665/Prevotella loescheii (ATCC 15930)
HZB537700 马什普雷沃菌KCTC 15095/Prevotella marshii (DSM 16973)
罗斯氏菌属（Roseburia）
代表物种：R. zhanii、R. cecicola、R. difficilis、R. faecis、R. hominis、R. intestinis、R. inulinivorans、R. lenta、R. mobilis、R. muris、R. porci、R. rectibacter和R. yibonii等
潜在功能：可产生短链脂肪酸，在地中海饮食人群中丰度较高，与肥胖、炎症、神经或免疫相关疾病有关。其细胞表面蛋白在分子结构上与抗磷脂综合征核心抗原表位β2GPI相似，可在遗传易感小鼠中诱发疾病。
保藏信息：
HZB712247 粪罗斯氏菌DSM 16840/Roseburia faecis
HZB713026 人罗斯氏菌JCM 17582/Roseburia hominis DSM 16839
HZB751549 肠罗斯氏菌DSM 14610/Roseburia intestinalis (JCM 17583)
HZB719307 嗜菊粉罗斯氏菌DSM 16841/Roseburia inulinivorans (JCM 17584)
瘤胃球菌属（Ruminococcus）
代表物种：R. albus、R. bicirculans、R. bromii、R. callidus、R. difficilis、R. faecis、R. gauvreauii、R. gnavus、R. hominis、R. intestilis、R. lactaris、R. lentus、R. muris、R. obeum和R. torques等
潜在功能：能够利用抗性淀粉，产生短链脂肪酸，其作用具有物种依赖性，既有有益效应也可能致病。例如，R. gnavus的多糖可加重结肠炎；其细胞表面蛋白可作为超抗原，与过敏、哮喘等免疫失衡相关疾病有关。
保藏信息：
HZB357235 布氏瘤胃球菌ATCC 51896/Ruminococcus bromii (X-30)
HZB359965 巧克力瘤胃球菌ATCC 27760/Ruminococcus callidus (VPI S7-31)
HZB404370 黄瘤胃球菌DSM 25089/Ruminococcus flavefaciens
HZB732001 高氏瘤胃球菌DSM 19829/Ruminococcus gauvreauii (CCUG 54292)
HZB357236 活泼瘤胃球菌ATCC 29149/Ruminococcus gnavus (DSM 114966)
HZB358784 扭链瘤胃球菌ATCC 27756/Ruminococcus torques (VPI B2-51)
萨特氏菌属（Sutterella）
代表物种：S. parvirubra、S. stercoricanis和S. wadsworthensis
潜在功能：与结肠炎相关，具有降解IgA的能力，可能破坏黏膜免疫保护反应。
保藏信息：
HZB904599 副萨特氏菌DSM 21040/Parasutterella excrementihominis (JCM 15078)
韦荣氏菌属（Veillonella）
代表物种：V. atypica、V. dispar、V. hominis、V. parvula、V. rogosae和V. tobetsuensis
潜在功能：有机酸（如乳酸、丙酮酸、苹果酸、草酰乙酸等）发酵菌，不具备碳水化合物或氨基酸发酵能力，其发酵终产物为乙酸或丙酸。
保藏信息：
HZB512774 非典型韦荣球菌ATCC 17744/Veillonella atypica
HZB743379 牙周韦荣球菌DSM 19009/Veillonella denticariosi RBV106
HZB509144 殊异韦荣球菌DSM 20735/Veillonella dispar
HZB415495 蒙彼利埃韦荣球菌DSM 17217/Veillonella montpellierensis
HZB357634 小韦荣球菌ATCC 10790/Veillonella parvula
HZB746988 罗氏韦荣球菌DSM 18960/Veillonella rogosae
HZB535378 日本韦荣球菌JCM 17976/Veillonella tobetsuensis
2、肠道微生物常用培养介绍
| 中文名 | 英文简称 | 英文全称 | 主要用途 |
|---|---|---|---|
| 改良PYG培养基 | MPYG | Modified Peptone Yeast Glucose | 非选择性培养基 |
| 脑心浸出液培养基 | BHI | Brain Heart Infusion | 非选择性培养基 |
| 天然肠道培养基 | CGM | Complex Gut Medium | 非选择性培养基 |
| Gifu厌氧培养基 | Gifu | Gifu Anaerobic broth | 非选择性培养基 |
| 强化梭菌培养基 | RCM | Reinforced Clostridium Media | 选择性分离梭菌目菌株 |
| 脑心浸出液培养基 | BHI | Brain Heart Infusion | 非选择性培养基 |
| 苛养厌氧菌琼脂 | FAA | Fastidious Anaerobe Agar | 非选择性培养基 |
| 韦氏球菌培养基 | Veil | Veillonella Media | 选择性分离韦氏球菌 |
| 双歧富集培养基 | BAF | Bifidobacterium Enriched Media | pH6，选择性分离双歧杆菌 |
| 仅黏蛋白培养基 | Mucin | Mucin Only Media | |
| 基础黏蛋白培养基 | MMM | Minimal Mucin Media | |
| 富营养黏蛋白培养基 | RMM | Rich Mucin Media | |
| 多样肠道培养基 | DGM | Diversity Gut Media | 非选择性培养基 |
| 肠道微生物培养基 | GMM | Gut Microbiota Medium | 非选择性培养基 |
| 基础培养基 | GM1/1 | Minimal Media | |
| 肠道微生物培养基 | GM3/4 | Gut Microbiota Medium | 非选择性培养基 |
| GAM培养基 | GM5/6/7/8 | (Modified) Gifu Anaerobic Medium | 非选择性培养基 |
| 稀释GAM培养基 | GM9/10 | Diluted Gifu Anaerobic Medium | 低浓度营养成分培养基 |
| 脑心浸出液培养基 | BHI | Brain Heart Infusion | 非选择性培养基 |
| 菊粉补充基础培养基 | M9-inu | Minimal media supplemented with inulin | |
| 果胶补充基础培养基 | M9-pect | Minimal media supplemented with pectin | |
| 纤维素补充基础培养基 | M9-cell | Minimal media supplemented with cellulose | |
| 黏蛋白补充基础培养基 | M9-muc | Minimal media supplemented with mucin | |
| 淀粉补充基础培养基 | M9-star | Minimal media supplemented with starch | |
| 菊粉补充0.2BHI | 0.2BHI-inu | 0.2BHI supplemented with inulin | |
| 果胶补充0.2BHI | 0.2BHI-pect | 0.2BHI supplemented with pectin | |
| 膳食纤维补充0.2BHI | 0.2BHI-cell | 0.2BHI supplemented with cellulose | |
| 黏蛋白补充0.2BHI | 0.2BHI-muc | 0.2BHI supplemented with mucin | |
| 淀粉补充0.2BHI | 0.2BHI-star | 0.2BHI supplemented with starch | |
| 肠道微生物培养基 | GMM | Gut Microbiota Medium | 非选择性培养基 |
| 哥伦比亚血琼脂 | CBA | Columbia Blood Agar | 非选择性培养基 |
| 巧克力琼脂 | CHOC | Chocolate Agar | |
| 胰蛋白胨大豆琼脂 | TSY | Tryptic Soy Agar | |
| 苛性厌氧琼脂 | FAA | Fastidious Anaerobic Agar | 非选择性培养基 |
| 庖肉琼脂 | BEEF | Cooked Meat Agar | |
| 双歧选择性培养基 | BSM | Bifidobacterium Selective Media | 选择性分离双歧杆菌 |
| 苯乙醇琼脂 | PEA | Phenylethyl Alcohol Agar | |
| 放线菌分离培养基 | AIA | Actinomyces Isolation Agar | 选择性分离放线菌 |
| 黏菌素萘啶酸琼脂 | CAN | Colistin Naladixic Acid Agar | |
| 麦康凯培养基 | MK | MacConkay Agar | |
| 甘露醇高盐培养基 | MSA | Mannitol Slat Agar | |
| MRS培养基 | MRS | de Man Rogosa Sharp Agar | 选择性分离乳酸菌 |
| 拟杆菌胆汁七叶苷琼脂培养基 | BBE | Bacteroides Bile Esculin Agar | 选择性分离拟杆菌 |
| 去氧胆酸盐琼脂 | DOC | Deoxycholate Agar | |
| 卡那霉素万古霉素血球溶解血琼脂 | KVLB | Kanamycin Vancomycin Laked Blood Agar | |
| Gifu厌氧培养基 | GAM | Gifu Anaerobic Medium | 非选择性培养基 |
| 改良GAM培养基 | MGAM | Modified Gifu Anaerobic Medium | 非选择性培养基 |
| 改良TSA培养基 | MTSA | Modified TSA medium | 非选择性培养基 |
| YCFA培养基 | YCFA | Yeast Casitone Fatty Acids Agar | 非选择性培养基 |
| 苛性厌氧培养基 | FAB | Fastidious Anaerobic Broth | 非选择性培养基 |
| 改良苛性厌氧培养基 | MFAB | Modified FAB | 非选择性培养基 |
| 改良PYG培养基 | MPYG | Modified PYG medium | 非选择性培养基 |
| LB培养基 | LB | Luria Bertani Medium | |
| 麦康凯培养基 | MAC | MacConkay agar | |
| Schaedler肉汤 | Schaedler Broth | Schaedler Broth | |
| 肠杆菌富集培养基 | EEB | Enterobacteria Enrichement Broth | 选择性富集肠杆菌 |
| 梭菌富集培养基 | CEB | Clostridium Enrichment Broth | 选择性富集梭菌 |
| 营养琼脂 | NA | Nutrient Agar | |
| 脱氧胆酸钠琼脂 | DA | Deoxycholalate Agar | |
| MRS培养基 | MRS | MRS medium | |
| R培养基 | R | R Medium | |
| 改良R培养基 | Modified R | Modified R Medium | |
| 改良布氏肉汤培养基 | MBB | Modified Brucella Broth | |
| 改良2216E培养基 | 2216E | Modified 2216E Medium | |
| DZP复合蛋白胨培养基 | DZP M | DZP Mixpeptone Medium | |
| 改良哥伦比亚血琼脂 | MCBM | Modified Columbia Blood Medium | 非选择性培养基 |
| Wilkins-Chalgren厌氧肉汤 | WCAB | Wilkins Chalgren Anaerobe Broth | |
| 拟杆菌胆汁七叶苷琼脂培养基 | BBE | Bacteroides bile esculin agar with amikacin | 选择性分离拟杆菌 |
| 脑心浸出液培养基 | BHI | Brain Heart Infusion | 非选择性培养基 |
| 双歧杆菌选择性培养基 | Bifido | Bifidobacterium Selective Agar | 选择性分离双歧杆菌 |
| 哥伦巴亚血琼脂 | Blood agar | Columbia Agar with Sheep Blood PLUS | 非选择性培养基 |
| 双歧杆菌选择性培养基 | BSM | Bifidus Selective Medium | 选择性分离双歧杆菌 |
| 纤维素琼脂 | CA | Cellulose Agar | |
| 碳水碎肉化合物培养基 | CMC | CHOPPED MEAT MEDIUM WITH CARBOHYDRATES | 非选择性培养基 |
| 苛性厌氧培养基 | FAA | Fastidious Anaerobe Agar | 非选择性培养基 |
| – | FAT | – | |
| Fusobacterium选择性分离琼脂 | FSA | Fusobacterium Selective Agar | 选择性分离Fusobacterium |
| 改良Gifu厌氧培养基 | GAM-mod | Gifu Anaerobic Medium, modified | 非选择性培养基 |
| 猪胃黏蛋白培养基 | HM | Hog gastric mucin medium | |
| LB血琼脂 | LKV | Laked Brucella Blood Agar with kanamycin and vancomycin | |
| 麦康凯培养基 | McConkey | – | |
| – | MDM | Modified Dehority Medium (DSMZ medium 1668) | |
| 庖肉培养基 | Medium 78 | Chopped Meat Medium (DSMZ medium 78) | |
| MRS培养基 | MRS | De Man, Rogosa, and Sharpe (DSMZ medium 11) | 选择性分离乳杆菌 |
| 黏蛋白基础培养基 | MUC | Mucin Supplemented Basic Medium | |
| – | NM | – | |
| 营养琼脂 | Nutrient agar | DSMZ medium 1 | |
| – | PG | Postgate Medium | |
| – | SAB | – | |
| – | SM | – | |
| Wilkins–Chalgren厌氧肉汤 | WCA | Wilkins–Chalgren Anaerobe broth |
左图为Clostridium leptum生长48h后与CMC培养基的对比图，右图为Blautia wexlerae生长48h后与CMC培养基的对比图
相关资源
参考资料
The Mouse Intestinal Bacterial Collection (miBC) provides host-specific insight into cultured diversity and functional potential of the gut microbiota
RETRACTED ARTICLE: Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics
肠道微生物资源库的构建：进展、方法和展望
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— 武汉市灰藻生物科技有限公司团队敬上
灰藻生物：我们期待着与客户共同成长，共同创造生命科学的未来！
更新日期：2025-08-30
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