NCBI BLAST 搜索结果页面详解：从入门到精通

引言

BLAST（基本局部比对搜索工具）是目前最常用的序列相似性搜索工具之一，几乎所有从事分子生物学、基因组学或生物信息学研究的科研人员都曾使用过它。然而，当搜索任务提交完成后，面对返回的结果页面——那些密密麻麻的表格、选项卡、筛选条件和比对图形——许多初学者甚至经验丰富的用户都难免感到困惑：哪些信息是最关键的？不同选项卡之间有什么区别？为了帮助大家真正读懂BLAST结果，本文基于NCBI官方发布的《BLAST结果页面注解》文档，对结果页面的各个区块和元素进行了系统梳理和详细解读。本文旨在结合学术术语的中英文对照，为国内科研人员提供一份清晰、实用、可随时查阅的BLAST结果解读指南。无论您是初次接触BLAST，还是希望进一步掌握高级筛选和比对查看技巧，相信本文都能为您提供有益的帮助。

摘要区块（Summary Section）

页眉（Header）

页眉包含三级导航链接：顶部蓝色条带为NCBI全局导航，中间灰色条带为BLAST全局导航，底部白色条带为当前BLAST结果专属导航。

A. 顶部导航链接

• 面包屑导航（Breadcrumbs）：展示当前结果页面的层级路径。

• 关键BLAST页面链接：

o “Home”：返回BLAST首页。

o “Recent Results”：以表格形式列出近期提交的BLAST搜索记录，包含关键属性及过期时间。

o “Saved Strategies”：用于保存搜索策略，配合MyNCBI账户登录使用效果最佳。

o “Help”：提供指向各类BLAST相关文档的链接集合。

B. 登录MyNCBI账户

可永久保存搜索设置，并查看登录期间执行的所有未过期的搜索结果。

该区域顶部有一组链接（C），其下方（如有）会显示高亮提示或错误信息（D）。再往下，左侧为关键搜索属性（E），右侧为结果筛选器（F）。无论下方选择哪个结果选项卡，本区域始终显示。

C. 摘要区域顶部链接

• Edit Search：打开搜索页面并保留之前设置，便于调整参数后重新运行。

• Save Search：将当前搜索设置保存到“已保存搜索策略”页面；配合MyNCBI登录可永久保存。

• Search Summary：展开/收起一个表格，汇总搜索设置和统计信息。

• How to read this report：链接到本文档。

• BLAST Help Videos：打开NLM（美国国家医学图书馆）频道中BLAST相关视频的YouTube播放列表。

• Back to Traditional Result Page：以传统单页面格式呈现结果。

D. 重要提示或错误信息

若存在重要的搜索修改（如限定物种、针对短序列的调整），将在此处显示。如果搜索失败，也会在此处以粉红色背景显示错误信息（1）。

链接和消息下方是关键属性搜索摘要（A）和结果筛选器（B）。无论下方选择哪个结果选项卡（C），本区域始终显示。

A. 摘要——提供搜索的不同方面信息

• Job Title（任务标题）：默认显示第一条查询序列的ID；为便于识别，可在提交前自定义。

• RID（请求标识符）：本次搜索分配的唯一标识符，用于共享和问题报告；Download All（下载全部）（1）提供将完整搜索结果保存为多种格式的选项，如新版XML（XML2）、JSON、CSV。

• Results for（结果对应查询）（2）：仅当提交多条查询序列时显示，允许选择展示哪一条查询序列的搜索结果。

• Program（程序）：列出所执行的搜索程序，此处示例为BLASTN；Citation（引用）：提供发表时需引用的参考文献。

• Database（数据库）：所搜索的目标数据库名称；See details（查看详情）：提供数据库内容的文本描述。

• Query ID（查询ID）：当前显示结果所对应的查询序列ID。若查询为accession号格式，则会链接到NCBI数据库中的该记录。

• Description（描述）：查询序列FASTA标题行中的描述信息。

• Molecule type（分子类型）：显示查询序列的类型（DNA或蛋白质）。

• Query length（查询长度）：当前查询序列的长度。

• Other reports（其他报告）：列出未集成到新版选项卡显示中的其他报告格式链接。蛋白质BLAST结果会额外提供“Multiple alignment（多重比对）”链接（3），可将查询序列与匹配序列提交至NCBI的多重比对工具COBALT进行多重比对。

B. 筛选结果（Filter Results）

• Organism（物种）：允许输入物种名称（从自动提示列表中选择），用于筛选返回的匹配序列。勾选exclude（排除） 复选框可排除所选物种。点击Add organism（添加物种） 可增加输入框。

• Percent Identity（一致性百分比）：按一致性程度筛选匹配序列，例如筛选一致性在94.74%到94.76%之间的结果。

• E Value（期望值）：按期望值（E值）显著性筛选结果，例如筛选期望值在0.0001到5e-120（即5×10⁻¹²⁰的科学记数法）之间的结果。

输入期望的数值后，点击Filter（筛选） 即可更新结果展示。筛选基于后处理，不会改变由RID标识的原始搜索结果。点击Reset（重置） 可恢复初始结果集。

描述表格（Descriptions Table）

这是默认打开的选项卡，包含BLAST所发现匹配序列的摘要表格。表格上方是三组下拉菜单（A）和一组用于在新浏览器标签页中展示匹配序列的功能性链接（B）。表格表头（C） 描述各列内容，并支持按选定列排序。

A. 顶部下拉菜单

• Download（下载）：提供以多种格式下载复选框选中的匹配序列的选项，也包括下载当前表格本身（1）。此选项与 “Download All”中的选项不同。

• Manage Columns（管理列）：列出表格所有可用列，便于自定义显示的列。

• Show（显示）：允许选择表格中显示多少条匹配序列。

B. 针对本次搜索的功能性链接

• Select All（全选）：切换所有匹配序列复选框的选中状态。点击单个复选框可单独选中或取消选中某条记录。

• GenPept（GenBank蛋白质）（对于核苷酸搜索则为GenBank）：从蛋白质数据库中检索所选匹配序列的完整记录。

• Graphics（图形）：打开基于序列可视化工具的图形化视图，以查询序列为锚点展示匹配情况。

• Distance tree of results（结果距离树）：以距离树格式展示匹配序列（2）。

• Multiple alignment（多重比对）：将查询序列与匹配序列提交至COBALT进行多重比对。

• MSA Viewer（多重序列比对查看器）：打开多重序列比对查看器（3），允许对比对结果进行详细的交互式检视。

C. 表格表头与行

• 描述（Description） 列中的标题链接到比对（Alignments） 选项卡中相应的比对记录。点击标题即可跳转至该比对，查看详细比对信息。

• 第二列中的物种学名（Scientific Name） 链接到NCBI分类数据库中的对应记录。

• 默认按E值（E value） 排序（该列以粗体显示）。点击其他列表头可按该列排序（不支持多列组合排序）。

• Accession（登录号） 列中的条目链接到蛋白质数据库（对于blastn或tblastn搜索则为核苷酸数据库）中的序列记录。

比对选项卡（Alignments Tab）

比对（Alignments） 区块包含查询序列与其匹配序列之间的详细两两比对。

A. 比对视图（Alignment view）

通过一个简单的下拉菜单，可方便地切换比对结果的不同展示形式。

B. 匹配的数据库序列分隔条

• Download（下载）：列出可用于获取该匹配数据库序列的格式选项。

• GenePept（GenBank蛋白质）（对于核苷酸搜索则为GenBank）：从NCBI蛋白质数据库中检索该序列记录。

• Graphics（图形）：打开基于序列可视化工具的图形化视图，以该数据库序列为锚点展示比对。

• 右侧的导航链接可在不同比对记录之间跳转，也可在比对（Alignments） 和描述（Descriptions） 区块之间切换。

C. 匹配的数据库序列（Matched database sequence） D. 比对展示（Alignment display）

• 迷你选项卡（Mini-tab）：包含比对的统计信息。

• 中间行报告匹配质量：

o 字母表示完全一致（1，即相同碱基/氨基酸）

o + 号表示正向匹配（2，相当于保守替换）

o 空格表示得分为零或负分的匹配（3）

o 序列中的短横线（-） 表示空位（4）

E. 相关信息（Related Information）

包含指向其他资源的链接，这些资源基于匹配的数据库序列衍生出更多信息。

F. 比对视图（Alignment view）

改变比对的呈现方式。“Pairwise with dots for identities”（用点表示一致的两两比对） 模式以彩色字母高亮差异（5），便于识别。

G. “CDS feature”（CDS特征）复选框（仅适用于核苷酸BLAST）

若存在注释信息，可将已注释的编码序列翻译结果投射到比对中。

H. “Sort by”（排序方式）

允许按其他数值对HSP（高分段对，High Scoring Pair）进行排序，而非默认的E值。一条查询序列可能与同一条数据库序列存在多个HSP。例如，一条mRNA与其基因组序列比对时，由于内含子的存在，比对会被分割成多个HSP。按“Query start position”（查询起始位置） 重新排序，有助于按照mRNA的自然/生物学顺序来检视这些比对。

结语

BLAST结果页面虽然信息密集，但只要理解了其固定的结构逻辑——顶部的摘要与筛选、默认的“描述”表格、以及详细的“比对”视图——就能快速从中提取出对自己研究最有价值的信息。希望本文能成为您科研路上的一本顺手工具书，让BAST结果不再“高深莫测”。祝您比对顺利，发现精彩！

参考文献

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLAST_NewResultPage.pdf

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更新日期：2026-04-25

编制人：小灰

审稿人：小藻