微生物类 | 细菌、真菌鉴定服务

灰藻生物

关键词：#技术服务 | #微生物鉴定 | #细菌16srDNA鉴定| #真菌18srDNA鉴定、ITS鉴定

微生物菌种鉴定简介

微生物菌种DNA测序鉴定是一种利用DNA测序技术对微生物的物种进行准确识别的方法。它不依赖于微生物的形态、生理、生化等特征，而是通过分析微生物的核糖体RNA基因（rDNA）的序列，与数据库中的已知序列进行比对，从而确定微生物的种类和数量。微生物菌种DNA测序鉴定比传统的生化鉴定方法更快速、更准确、更全面，可以应用于医学、农业、环境、工业、食品等领域的微生物多样性分析。

1、16S rDNA测序技术是针对细菌和古细菌的一种鉴定方法，它利用16S rRNA基因的高变区作为标记，进行微生物的分类和鉴定。16S rDNA的长度约为1540个碱基对，大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中常用、有用的“分子钟”，也被称为“细菌化石”，存在于所有原核生物的染色体基因组中。16S rRNA基因既有恒定区（constant region），也有可变区（variable region），保守区反映了微生物的亲缘关系，可变区反映了微生物的差异。不同的高变区有不同的特异性和覆盖度，一般选择V3-V4区或V4-V5区进行测序。通过对16S rDNA进行PCR扩增和测序，可以获得原核生物的16S rRNA的序列信息，然后与数据库中的已知序列进行比对，从而确定原核生物的种类和相对丰度，目前被广泛用于医学、农业、环境等领域 。

2、18S rDNA测序技术是针对真菌的一种方法，它利用18S rRNA基因的高变区作为标记，进行微生物的分类和鉴定。18S rRNA基因是编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，存在于所有真核生物的基因组中。18S rRNA基因也有保守区和可变区，保守区反映了生物物种间的亲缘关系，可变区反映了物种间的差异。一般选择V4区或V9区进行测序，因为这些区域的特异性好，数据库信息全，分类效果好。18S rDNA测序技术可以鉴定出样本中的真核微生物的种类和相对丰度，目前被广泛用于水生生物、土壤生物、人体微生物等领域 。

3、ITS测序是针对真菌的另一种方法，它利用内转录间隔区（Internally Transcribed Spacer，ITS）作为标记，进行微生物的分类和鉴定。ITS是位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间的非编码区，分别为ITS1和ITS2。ITS由于承受较小的自然选择压力，在进化过程中能够容忍更多的变异，表现出极为广泛的序列多态性。ITS的保守型表现为种内相对一致，种间差异较明显，能够反映出种属间，甚至菌株间的差异。ITS序列片段较小（ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp），易于分析，目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析 。

灰藻通过长期的沟通往来，已同国内多家著名院所、厂商建立了合作关系，推出了快速、权威的微生物鉴定服务，包括细菌16srDNA鉴定和真菌18srDNA鉴定或ITS鉴定。

图1、微生物鉴定

鉴定流程

1、样本接收；

2、提取微生物的基因组DNA，检测其质量和浓度；

3、细菌选择16S rDNA基因，真菌选择18S rDNA或ITS区域，对微生物的rDNA基因进行PCR扩增；

4、对PCR产物进行纯化，送到测序仪上进行测序，获得序列数据；

5、对序列数据进行质控、拼接、编辑，得到完整的rDNA序列；

6、将序列在NCBI上进行Blast比对，即可获知与该序列同源性较高的已知序列，为确定菌种的分类学地位提供依据；

7、鉴定服务约需10个工作日。

根据相似度的高低，确定微生物的物种水平。一般来说，相似度在99%以上可以认为是同一个物种，相似度在97%以上可以认为是同一个属，相似度在95%以上可以认为是同一个科。

送样要求

1、若提供平板、甘油菌或穿刺菌，请注明培养条件，若菌种需要特殊的培养基，也请一并提供。另外，请确保您提供的平板或斜面上只有单一的菌落，而且已经经过三次以上的纯化。因样品不纯，导致测序结果出现套峰，我们将收取全额的实验费用；

2、若提供基因组DNA样品，请确保它的浓度不低于10ng/μl，总量不少于50μl，样品定量检测以我们的结果为准；

3、若提供的菌株是革兰氏阳性菌，我们建议您直接提供基因组DNA，这样会更方便；

4、若提供培养好的菌液，请确保包装无漏洞，菌液浓度足够，离心后菌体质量至少0.5g；

5、我们不接受有致病性的样品。若您的菌株有致病性，请提供基因组DNA给我们，并将其进行加热处理以杀死致病菌；

6、送样地址：联系在线客服。

提供结果

1、进行引物设计合成；

2、PCR扩增18S rDNA/ITS；

3、PCR产物纯化；

4、测序，序列比对分析；

5、序列文件。

灰藻生物：我们期待着与客户共同成长，共创生命科学的美好未来！

更新日期：2023-12-06